感染人体后1周左右，血中出现中和抗体，3-4周达高峰，可持续多年，这些抗体能清除病毒和使机体康复，但大多数个体不能彻底消灭病毒，也不能阻止复发，病毒以潜伏状态长期存在宿主体内。不同亚型HSV感染者急性首发生殖器疱疹的临床过程相似，但生殖器病变复发率不同，首发HSV-2感染者约有90%在12个月内会出现一次复发（平均复发4次），而初次感染HSV-1者仅50%出现类似复发（平均复发次数小于1）。不同个体及同一病人一生中生殖器HSV-2感染的复发率变化很大，大多数年复发5-9次，一般在原发疱疹消退后1-4个月内发生，有些患者受到促发因素，如发热、月经、日晒、寒冷、某些病毒感染等的影响而复发，其特点是每次复发往往发生在同一部位，复发前可有前驱症状如局部瘙痒，发疹前数小时感染部位有灼烧，麻刺感。
复发生殖器疱疹（GH）对患者心理影响较大，由于目前尚无预防复发的有效疗法及可能有诱发生殖器恶变的危险性，故给患者带来心理影响，患者多有抑郁、恐惧等心理障碍，这又直接影响HSV的复发。但只要患者坚持规律治疗，都能治愈。
