淋病是很多医学界专家、学者、及病人深感头痛的性病，也是在几十种性病中复发率最高，危害性最大的疾病。无论是细菌，病毒还是微生物。它感染人体后并不是都是在血液里，这是很多医学界都没弄明白的事情，也真是反复发作的主要原因。所有的菌体微生物及病毒的感染经过是这样的：首先是经过毛细血管，分泌物或其它途径进入血液，也就是人们常说的“潜伏期”，再从血液进入皮下层，等待发病时机，在这时一旦病人的饮酒过多或感冒，休息不好等自身免疫下降时病情会随之出现。
那么淋病患者出现病情反复，原因究竟在哪？
首先是由于淋病患者患上的是否为单纯淋菌性尿道炎。研究证明，男性淋菌性尿道炎经常并发沙眼衣原体；而衣原体是介于病毒与细菌之间的细胞内寄生微生物，由衣原体引起的尿道炎才是非淋菌性尿道炎的根本病因，其症状同淋菌性尿道炎基本相似，不过较淋菌性尿道炎轻。如果出现淋病症状又不去做病原体检查，看是否合并有沙眼衣原体感染，仅科普治疗淋病，往往难以取得效果。
很多性病专家认为男性的尿道炎患者都需要同时进行淋球菌及沙眼衣原体检测，如果没有检测条件，那也需要同时进行科普治疗，以免遗漏，转成慢性或发生更多合并症。
淋病难以治愈的另一原因就是淋球菌对很多的科普治疗药物都有抗药性。医学研究机构已经发现对喹诺酮类药物耐药的淋球菌，而且这种细菌广泛流行，尤其近年在亚洲也有蔓延的趋势。另外对青酶素及四环素等抗生素有抗药性的淋球菌就更多。如果在淋病科普治疗上才用这些耐药的药物，对淋病的科普治疗效果当然不好。
最后，淋病很难彻底治愈的另一个重要原因是科普治疗的不及时。在感染淋球菌后，细菌会由浅入深、由表及里逐渐侵入。如果患者科普治疗及时而且合理，细菌会比较容易将清除。但科普治疗不及时，细菌很容易上行，在感染2周后就可以侵入后尿道，因此病人开始出现尿频、憋不住尿等现象，之后，淋菌可以侵入前列腺、精囊、附睾及膀胱等处，引起炎症。由于淋球菌侵入的这些器官，药物均难以到达，所以科普治疗效果也就差了。
另外重复感染也会让淋病久治不愈。就是说患者完成科普治疗后又与未经科普治疗的淋病患者进行性交而再次感染。所以淋病患者应彻底科普治疗，在本人及性伴侣都完成科普治疗之后才能恢复性生活。
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